Kontrola skarbowa w 2026 roku

Jak przygotować biuro i klientów na nowe zasady

Fiskus nie śpi. Fiskus nie je obiadu. Fiskus analizuje Twoje JPK.

Nowe zasady od 1 stycznia 2026 r.

Rok 2026 przyniósł coś, o co przedsiębiorcy prosili od lat: ograniczenia częstotliwości kontroli planowych uzależnione od kategorii ryzyka. Brzmi poważnie? Bo jest poważnie – ale też po raz pierwszy daje jakiś rytm temu całemu tańcowi z urzędem.

Na podstawie ustawy z dnia 21 maja 2025 r. (Dz.U. 2025 poz. 769, zmiana art. 55a Prawa przedsiębiorców) kontrole planowe u przedsiębiorców przeprowadza się według następujących zasad:

• Niskie ryzyko - nie częściej niż raz na 5 lat

• Średnie ryzyko - nie częściej niż raz na 3 lata

• Wysokie ryzyko - tak często, jak to jest konieczne

Organy kontroli mają obowiązek publikowania zasad przypisywania do kategorii ryzyka w BIP - w terminie 3 miesięcy od przyjęcia nowej analizy (ZUS ma 6 miesięcy).

Ważna uwaga: Limity dotyczą wyłącznie kontroli planowych w reżimie Prawa przedsiębiorców. Czynności sprawdzające, kontrole podatkowe i celno-skarbowe prowadzone przez organy KAS rządzą się odrębnymi procedurami i nie podlegają tym limitom (art. 55a ust. 3 Prawa przedsiębiorców). Wskazówka: Mimo ograniczeń planowych – nadal reaguj natychmiast na wezwania urzędowe. Urząd nie pyta o pozwolenie, gdy ma wątpliwości. 

Kontekst specjalizacji i narzędzi dla księgowych

Ten nowy krajobraz prawny wymaga coraz większej specjalizacji oraz korzystania ze sprawdzonych narzędzi i rozwiązań automatyzujących analizę przepisów oraz ryzyk. Jakie technologie i podejście mają sens? Sprawdź dlaczego w księgowości specjalizacja i nowoczesne wsparcie narzędziowe są dziś kluczowe.

KSeF i JPK: cyfryzacja rozliczeń

Krajowy System e-Faktur (KSeF) i nowe struktury JPKVAT stały się kluczowym elementem kontroli. Dane trafiają do administracji szybciej i w ustrukturyzowanej formie – większa odpowiedzialność za spójność danych między systemami.

Harmonogram wdrożenia KSeF 2.0: 

• 1 lutego 2026 r. - Podatnicy, których wartość sprzedaży (wraz z VAT) za rok 2024 przekroczyła 200 mln zł

• 1 kwietnia 2026 r. - Wszyscy pozostali podatnicy VAT

• 1 stycznia 2027 r. - Podatnicy, których łączna sprzedaż dokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł miesięcznie

Z wyjątkiem podmiotów, których łączna sprzedaż dokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł miesięcznie – dla nich obowiązek wchodzi w życie od 1 stycznia 2027 r.

Od 1 lutego 2026 r. obowiązują również nowe struktury JPKV7M(3) i JPKV7K(3) dla wszystkich podatników VAT - stosuje się je za okresy rozliczeniowe od lutego 2026 r.

Pamiętaj: KSeF dotyczy wystawiania faktur ustrukturyzowanych - nie wszystkich dokumentów sprzedaży. Przepisy przewidują określone wyjątki, m.in.: 

• faktury konsumenckie (B2C),

• faktury wystawiane przez rolników ryczałtowych,

• faktury wystawiane przez podatników korzystających z procedury OSS/IOSS w określonych przypadkach,

• faktury wystawiane w szczególnych sytuacjach dotyczących nabywców zagranicznych nieposiadających siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności w Polsce.

Więcej szczegółów o wdrożeniu, wyjątkach i praktycznych aspektach KSeF znajdziesz w kompleksowym zbiorze odpowiedzi na kluczowe pytania o KSeF.

Mikrofirmy na ryczałcie - „prosto, ale nie za prosto”

Mikroprzedsiębiorca na ryczałcie ma prostą księgowość, ale też mniejszy „bufor błędu”: jedna pomyłka w stawce ryczałtu czy ewidencji przychodów potrafi wygenerować szybkie czynności sprawdzające. W 2026 r. rośnie znaczenie porównywania przepływów bankowych i danych z faktur (KSeF) z deklaracjami.

Czerwone flagi - co przyciąga uwagę urzędu: 

• Przychody wielokrotnie kończące rok tuż pod limitem zwolnienia podmiotowego z VAT (2026 r.: 240 000 zł wartości sprzedaży netto, bez VAT - art. 113 ust. 1 ustawy o VAT) - nagłe „hamowanie” sprzedaży pod koniec roku.

• Niezgodności płatności z bramek płatniczych (BLIK/PayU/Stripe) z ewidencją przychodów.

• Błędna klasyfikacja PKWiU prowadząca do złej stawki ryczałtu.

• Faktury niematerialne (marketing, doradztwo, IT) bez dokumentów potwierdzających wykonanie usługi.

• Dużo „kosztów firmowych” przy ryczałcie - sygnał, że podatnik myli reżimy.

Jak się przygotować: 

• Opisz biznes na jednej stronie: co sprzedajesz, komu, jak dokumentujesz.

• Uzgadniaj bank ↔ ewidencja ↔ JPK co miesiąc.

• Gromadź dowody wykonania (umowa, mail, protokół, plik wynikowy).

• Monitoruj „licznik” limitu VAT z wyprzedzeniem i przygotuj scenariusz rejestracji.

• Odpowiadaj na wezwania urzędowe w terminie: krótko, rzeczowo, z załącznikami.

  
  

 Spółki z o.o. - „czytelne jak otwarta książka”

Spółka z o.o. jest „czytelna” dla analityki: pełne księgi, VAT, często leasingi, świadczenia dla wspólników oraz transakcje z podmiotami powiązanymi. W 2026 r. dochodzi presja na jakość danych (KSeF/JPK) i porządek w dokumentacji kosztowej.

Czerwone flagi - co przyciąga uwagę urzędu: 

• Wysoki udział kosztów usług niematerialnych (doradztwo, zarządzanie, marketing) bez twardych dowodów wykonania.

• Wypłaty na rzecz wspólnika/zarządu „w kosztach” bez umów, rynkowych stawek i uzasadnienia biznesowego.

• Transakcje z podmiotami powiązanymi bez analizy rynkowości / brak dokumentacji cen transferowych.

• Powtarzalne korekty faktur i „ręczne” przeróbki w księgach (sygnał chaosu procesowego).

• Leasingi/najmy/auta: odliczenia VAT i koszty niezgodne z użyciem (brak ewidencji).

• Marża niska lub ujemna przez dłuższy czas bez racjonalnego uzasadnienia.

Co zrobić, żeby przejść kontrolę spokojnie:

• Zbuduj „teczkę kosztów niematerialnych”: umowa + zakres + dowody (raporty, deliverables) + akceptacja.

• Ureguluj rozliczenia ze wspólnikiem/zarządem: uchwały, umowy, opisy świadczeń, rynkowe stawki.

• Przejrzyj transakcje powiązane: progi, obowiązki TP, spójność z polityką cen.

• Zamknij miesiąc „twardo”: uzgodnienia VAT ↔ księga ↔ magazyn ↔ rozrachunki.

• Przygotuj procedurę odpowiedzi na urząd: kto odpowiada, gdzie są dokumenty, w jakim czasie.

Zagadnienia CIT, różnic przejściowych i nowoczesnego podejścia do rozliczania bilansowego znajdziesz w praktycznym przewodniku o podatku odroczonym 2026.

Branża beauty - „paragon albo stresujesz się Ty”

Beauty to branża, gdzie kontrola często zaczyna się „od ulicy”: nabycie sprawdzające, paragon, porównanie obłożenia grafiku z przychodami. Duży udział gotówki i płatności natychmiastowych sprawia, że fiskus szuka tu prostych, powtarzalnych nieprawidłowości.

Czerwone flagi - co przyciąga uwagę urzędu:

• Brak paragonu lub wystawianie paragonu „po prośbie” (typowy wynik nabycia sprawdzającego).

• Rejestrowanie sprzedaży z opóźnieniem (np. kilka godzin po płatności).

• Niezgodność cennika online z kwotami na paragonach/fakturach.

• Błędne zastosowanie zwolnienia z VAT / stawki VAT przy usługach mieszanych (pakiety, vouchery, kosmetyki + usługa).

• Personel formalnie na B2B, ale pracujący z podporządkowaniem charakterystycznym dla stosunku pracy - ryzyko zakwestionowania jako pozorne B2B przez PIP/ZUS.

Przy problemach z proporcją VAT, korektami paragonów czy rozliczaniem usług mieszanych, skorzystaj z poradnika: proporcja VAT przy sprzedaży mieszanej.

Branża budowlana - „dokumenty albo nocne koszmary”

Budownictwo jest jedną z najbardziej kontrolowanych branż z uwagi na ryzyko szarej strefy, podwykonawców i rozliczeń dużych kontraktów. Kontrola często dotyka realności usług, przepływów pieniężnych, zatrudnienia i prawidłowości rozliczeń VAT.

Czerwone flagi: 

• Duże obroty przy minimalnym zatrudnieniu zgłoszonym do ZUS (sygnał „robót bez ludzi”).

• Faktury od podwykonawców o krótkiej historii, bez zaplecza.

• Brak dokumentacji wykonania: protokołów odbioru, obmiarów, dziennika budowy, korespondencji.

• Rozbieżność: wartość kontraktów/zaliczek vs przychody wykazane w ewidencjach/JPK.

• Niewłaściwe stosowanie mechanizmu podzielonej płatności (MPP).

E-commerce - „dane mówią, zanim Ty zdążysz”

Sprzedaż online zostawia ślady w wielu systemach: marketplace, bramki płatnicze, kurierzy, magazyn, reklamy. W 2026 r. kontrola coraz częściej polega na prostym porównaniu: „co platforma/płatności pokazują” vs „co masz w ewidencji i podatkach”. Systematycznie śledź zmiany i praktyczne wskazówki w aktualnościach na blogu Księgobotów.

Kontrola skarbowa - porady i wyjaśnienia

Przygotowanie dokumentów - zanim zadzwoni urząd

Zawsze warto mieć „pod ręką”: deklaracje podatkowe (PIT/CIT/VAT), ewidencje i rejestry (w tym JPKVAT, ewidencję przychodów, KPiR), faktury sprzedażowe i zakupowe (chronologicznie lub per kontrahent), wyciągi bankowe zsynchronizowane z ewidencją, dokumenty ZUS, umowy z kontrahentami, protokoły, korespondencję potwierdzającą wykonanie usług, dokumenty magazynowe, dokumentację cen transferowych, umowy z pracownikami/B2B, listy płac i potwierdzenia przelewów wynagrodzeń.

Pamiętaj: Brak dokumentu = brak zdarzenia dla kontrolera.

Obowiązki firmy podczas kontroli - co musisz, a czego nie musisz

• Udostępnić żądane dokumenty i ewidencje w wyznaczonym terminie

• Umożliwić dostęp do lokalu, pomieszczeń i urządzeń związanych z działalnością

• Udzielać wyjaśnień w sprawach objętych kontrolą

• Podpisać protokół kontroli (podpis nie oznacza zgody - możesz złożyć zastrzeżenia)

Masz też prawa: do obecności, do wglądu w upoważnienie do kontroli, do wniesienia sprzeciwu wobec czynności naruszających przepisy, do złożenia zastrzeżeń do protokołu i do korekty deklaracji (kontrola podatkowa, nie celno-skarbowa).

Podsumowanie: co łączy wszystkie branże?

Dane mówią same za siebie – KSeF i JPK zwiększają dostęp fiskusa do Twoich danych. Nie ma już „gdzieś zapomniałem”. Dokumentacja to Twój najlepszy dowód – umowa, protokół, mail, zdjęcie. Spójność między systemami jest kluczowa – bank, faktura, ewidencja, JPK, kasa, magazyn muszą mówić tym samym głosem. Reaguj szybko na wezwania – terminowa, rzeczowa odpowiedź z załącznikami to najlepsza obrona. Znaj swoje prawa – zastrzeżenia, odwołanie, skarga do WSA: ścieżka odwoławcza istnieje i działa. Skorzystaj z niej, gdy masz rację i dowody.

Jeżeli chcesz zautomatyzować uzgadnianie, archiwizację dokumentów i monitorowanie spójności danych w biurze rachunkowym, poznaj Księgoboty. Sprawdź ich możliwości przez 14 dni bezpłatnie po rejestracji – i przekonaj się, jak to realnie ułatwia codzienną księgowość w trudnych czasach.